第二次鴉片戰爭又稱「英法聯軍之役」或
「亞羅號戰爭」,開戰原因又多又複雜。總括來說,英國並不滿足於在《南京條約》中所得,希望得到更多優惠,如中國開放更多貿易港口、把鴉片交易合法化,以及得到最惠國待遇等。中英兩國關係在1850年代愈見緊張,至1856年10月,廣州政府扣押一艘由中國人擁有、在香港註冊的西式中國帆船,並拘捕了涉嫌走私的船員。有謠言指事發時英國國旗被扯下,此舉被認為是對英國皇室的侮辱(其後發現該船隻的登記文件於事發時已經過期)。英國以此為理由向中國宣戰,進攻廣州。與此同時,一名法國巴黎外方傳道會神父被廣西官府處決,令法國以此為藉口參戰。戰役以1858年6月簽訂的《天津條約》告終。
不過,中外雙方於1860年重啟戰釁,英法兩國加強軍備,攻擊並佔領首都北京,又焚燒和搶掠圓明園。戰事以簽訂《北京條約》,中方割讓九龍半島予英國作結。條約內容包括把鴉片貿易合法化、開放天津為條約港,以及容許英國船隻運載賣身勞工至美洲。
自1841年英國佔領香港島至1859年,九龍半島仍然是中國領土,由清政府管治,是英國政府與駐紮九龍城的中國駐軍的緩衝區。港督戴維斯 (John Davis) 爵士曾表示該區是中立地區。然而,英國政府渴望佔領九龍半島,以擴充其殖民地範圍及完全控制港口。港督寶靈 (John Bowring) 爵士向其祖國施壓,要求取得九龍半島作軍事、商業、衞生和保安用途。由於1858年的《天津條約》不包括割讓九龍半島,因此寶靈奉命就租借九龍半島與廣東政府談判。中英雙方後來重啟戰釁,戰爭以《北京條約》作結。條例訂明英方可佔領界限街以南的九龍半島及昂船洲,自此殖民地政府得以控制整個維多利亞港。第二次鴉片戰爭亦帶來其他影響。1856年廣州的十三行大火,迫使駐粵外商將公司總部及買辦遷到香港,為十九世紀末期的香港帶來資金、人才及貿易發展經驗。